Idea utworzenia Polskiego Towarzystwa Akarologicznego nie jest nowa i prawdopodobnie większość polskich akarologów myślała o potrzebie powstania organizacji mogącej skutecznie wspierać ich działania, a także występować w ich imieniu. Bardzo istotną funkcją takiej organizacji byłoby inicjowanie i koordynowanie wymiany doświadczeń i propagowanie wyników badań naukowych poprzez organizowanie spotkań i konferencji akarologicznych. Już od długiego czasu, głównie z inicjatywy ośrodka warszawskiego organizowane były w cyklu dwuletnim Spotkania Akarologiczne, które stanowiły doskonałą okazję do wymiany doświadczeń i mniej formalnych spotkań i dyskusji, a także umożliwiały prezentację wyników badań prowadzonych przez młodych akarologów. 

Zebranie założycielskie Polskiego Towarzystwa Akarologicznego odbyło się w Instytucie Zoologii UJ w Krakowie 27 marca 2004. Wzięło w nim udział 17 osób (reprezentujących 9 ośrodków) z ponad 30 zaproszonych. Niestety, część osób zaproszonych nie mogła uczestniczyć w zebraniu z uwagi na prowadzone w tym dniu (sobota) zajęcia dydaktyczne dla studentów zaocznych. W wyniku spotkania został utworzony komitet założycielski w składzie: Magdalena Nowak, Krzysztof Siuda i Wojciech Witaliński. Uchwalony został również statut Towarzystwa (skorygowany na wniosek organu rejestrowego 12 czerwca 2004), a także wybrano zarząd i komisję rewizyjną. W skład zarządu PTA weszli: Wojciech Witaliński (prezes), Jacek Dabert (wiceprezes), Maciej Skorupski (sekretarz), Grzegorz Gabryś (skarbnik) oraz członkowie: Joanna Mąkol i Wojciech Magowski. W następnych dniach komitet założycielski przygotował i złożył wniosek o rejestrację Towarzystwa w Sądzie Rejonowym dla Krakowa-Sródmieścia w Krakowie, Wydział XI Gospodarczy Krajowego Rejestru Sądowego. 

W dniu 28 czerwca 2004 Sąd Rejonowy dokonał wpisu PTA do Krajowego Rejestru Sądowego.