Głównymi celami działania Polskiego Towarzystwa Akarologicznego są:
- badania naukowe w zakresie akarologii oraz dotyczące innych pokrewnych grup stawonogów
- gromadzenie danych akarologicznych
- współpraca z organizacjami gromadzącymi i udostępniającymi dane taksonomiczno-faunistyczne
- rozwijanie i popularyzowanie wiedzy akarologicznej i przyrodniczej oraz działalność na rzecz ochrony przyrody
- wydawanie specjalistycznego periodyku naukowego poświęconego akarologii
- reprezentowanie akarologów zrzeszonych w Towarzystwie w kontaktach z innymi organizacjami i instytucjami.
Wymienione powyżej cele PTA zamierza realizować poprzez:
- inspirowanie i koordynowanie badań akarologicznych
- organizowanie zespołów badawczych, również międzynarodowych, do opracowywania poszczególnych tematów badawczych i koordynowanie ich działalności
- współpracę z innymi organizacjami i ośrodkami naukowymi, krajowymi i zagranicznymi, o podobnym charakterze
- organizowanie wyjazdów i ekspedycji celem zbierania materiałów naukowych dla potrzeb własnych Towarzystwa jak i na zlecenie różnych instytucji i organizacji
- organizowanie zjazdów i konferencji naukowych
- organizowanie kursów i szkoleń specjalistycznych
- powołanie czasopisma lub wydawnictwa ciągłego, drukowanego i/lub w formie elektronicznej, poświęconego badaniom akarologicznym.